O município possui este nome tipicamente gaúcho, "Coxilha", por estar localizado em uma região que apresenta as mais altas elevações do planalto rio-grandense. Essas contínuas elevações, arredondadas, foram escolhidas pelos primeiros moradores para a construção de suas casas. Desta forma, sentiam-se protegidos dos ataques dos índios Coroados (agressivos e predominantes na região). A localidade, por essa razão, ficou conhecida como região das fazendas das coxilhas.

Por volta de 1840, Francisco de Barros Miranda e Manoel de Souza trouxeram gado manso, instalando os seus campos de pastoreio no alto das coxilhas existentes, ficando o lugar conhecido como Fazenda das Coxilhas. Os primeiros moradores de Coxilha foram as famílias Miranda, Oliveira Cardoso, Teixeira, Leite e Vieira e Souza.

Com a implantação da Estrada de Ferro, cuja obra foi iniciada em 1905 e concluída em 1911, começou a se destacar a exploração, a industrialização e a comercialização da madeira, especialmente do pinheiro araucária. Entre 1910 e 1950 ocorreu a fase áurea da madeira, com a exploração do pinheiro brasileiro para exportação, e com a mata nativa como instrumento de alimentação das locomotivas da Viação Férrea e dos locomóveis das serrarias.

Durante as décadas de 30 e 40, Coxilha foi o maior pólo de exportação de madeira, com diversas fábricas de caixas, aplainados e aduelas. Com a mecanização das lavouras de trigo Coxilha destacou-se como grande produtor desta cultura, até meados da década de 60. A partir de 1970 a cultura de soja teve grande expansão pelo incremento da exportação e pelos bons preços alcançados por este grão no mercado externo.

Nos meados da década de 80 a cultura de trigo teve novo incremento em função da alta tecnologia empregada pelos agricultores, o que possibilitou elevada produtividade. Das seis maiores produtividades nacionais, quatro foram obtidas por agricultores de Coxilha.

Na década de 90, formou-se a Comissão de Emancipação de Coxilha, vindo o trabalho desta ser consagrado no plebiscito de emancipação no dia 10 de novembro de 1991, posteriormente sancionada a Lei de Criação do Município no dia 20 de março de 1992, sendo este o dia da Fundação do Município.Comissão Emancipacionista:

Presidente: Henrique Stedile

1º Vice: Joao Luiz Vicenzi

2º Vice: Edegar do Nascimento Souza

3º Vice: Altair Bassegio

4º Vice: Setembrino Webber

1º Secretário: Enir Ducker

2º Secretário Valdir Corso

3º Secretário: Benoni Godinho

4º Secretário: Sabino Miorando

1º Tesoureiro: Ildo Orth

2º Tesoureiro: Gilmar França

3º Tesoureiro: Celso Brandão

4º Tesoureiro: Airton Briancini

Conselho Fiscal: Arnaldo Ducker, Alvady da Rocha Ghlen, Hilário Bitencourt, João Morello, Jobe Adelino Canali, José Gregório, Francisco dos Santos, Walter Briancini, Dalmir Borguetti, Jocelino Debortoli, Luzardo Sartori Filho, Alberto Manica Ramos, Celso Mattei, Luiz Greef, Sirlei Briancini, Lurdes Briancini, Rosane Faedo, Denise Webber, Melania Tesser, Heloísa Godinho, Adelar Crespi, Arthur Borba Almeida, Olivio Ghelen, Ernani Fauth Tissot, Pedro Bertagnoli, Lucia Morandini, Artur Ramos Prates, Valdir Portela, Celso Correa, Orlando França e Guerino Fossatti.